Другая / Another - странностей хватает, а вот на счет пары не помню, вроде они таки сошлись.

Под Мостом над Аракавой / Arakawa Under the Bridge - пара уникальная, но не в физическом плане.

За гранью - ну они как бы не пара, но очень привязаны друг к другу, но в конце последней овы есть значительный прогресс.

Трогательный комплекс / Lovely Complex - странная пара, несовместимая по телосложению, но есть куча совместимостей в других сферах.

Песнь проклятия для святого рыцаря / Seiken Tsukai no World Break - тут все и всё странное, даже не поймешь кого и кем считать, то ли сестрой, то ли девушкой, то ли женой, мозг сломаешь.

Чудачество любви не помеха! / Chuunibyou demo Koi ga Shitai! - странности это лозунг данного тайтла, но очень позитивное.

И всё-таки мир прекрасен / Soredemo Sekai wa Utsukushii - интересное анимэ, но по требованию подходит.
Перечислил из того, что не назвали в комментариях ранее.

Моя история!! / Ore Monogatari!!
Санка Рэа / Sankarea

Может... две звезды онмёджи... наверно
Я просто не смотрела аниме Durarara и поэтому просто предлагаю это

Волчица и пряности
Старшая школа DxD
Сэкирэй
Яблочное зернышко 2
Пластиковые воспоминания
Тетрадь смерти
Макрос Фронтир
Очень приятно, бог
Сейлор Мун
Рандеву с жизнью
Ползучий хаос. Няруко сан
Фантом.Реквием по Призраку
Натюрморт в серых тонах
В поисках потерянного будущего
Твоя апрельская ложь